22 июня 1941 г. фашистская Германия вероломно напала на нашу страну. С первого дня войны железнодорожники стали подавать заявления об уходе на фронт. Токари и связисты, станционные рабочие и кочегары, проводники и слесари депо и мастерских оставляли магистраль и шли защищать Родину. Вокзалы превратились в настоящие сборные пункты, с них отправлялись на запад эшелоны с бойцами. На опустевшие рабочие места, к станкам и паровозам приходили работать женщины и подростки, пенсионеры и инвалиды.
Многие были призваны в действующую армию, другие остались в тылу. Но для транспортной отрасли этот «тыл» был их передовой, фронтом. Стратегическое значение транспортных коммуникаций в военное время трудно переоценить: недаром инженерные факультеты транспортных вузов железнодорожного профиля выпускали именно «военных инженеров транспорта». И в мирное время специалистов готовили к работе в военных условиях. Еще до войны была разработана специальная инструкция «Мобилизационное наставление по работе в военное время», которая вступила в действие с первых дней войны. Тем не менее война резко изменила характер работы железных дорог. Самой главной, первоочередной задачей железнодорожников стала доставка к фронту громадного количества войск, их постоянное боевое и материальное обеспечение. На фронт отправлялись эшелоны с военной техникой и пополнением, составы с продовольствием и медикаментами.
История не знала такого массового перебазирования на огромные расстояния тысяч и тысяч предприятий, миллионов людей. В годы Великой Отечественной войны в регионы Сибири были эвакуированы сотни промышленных предприятий, учебных и образовательных учреждений, десятки тысяч людей. Каждые сутки прибывали санитарные эшелоны. Только в первый год Великой Отечественной на Омской железной дороге, например, сверх плана было перевезено 623 тыс. т различных грузов. В конце 1941 г. здесь грузилось в среднем на 34 вагона больше, чем в довоенные месяцы. Омское паровозное депо увеличило суточную выдачу локомотивов почти на 50%. Перевозки, не имевшие оборонного значения, были сокращены до минимума.
Коллектив паровозного депо Барнаул за годы войны в 1941–1945 гг. самоотверженным трудом обеспечил четкое продвижение военных грузов и резервов. Объем перевезенных грузов составил тонно-километров брутто. Отремонтировано средним ремонтом 103, подъемочным 524 и промывочным 3716 паровозов. Перестройка всей работы магистрали в годы Великой Отечественной была связана не только с изменением производственных задач, но и с изменением кадрового состава на всех железнодорожных предприятиях. Изменилось снабжение и нормативы выработки, перепрофилировались предприятия.
На железной дороге было организовано производство дефицитных материалов, чугунного и бронзового литья, запчастей локомотивов и вагонов, регенерации электрических ламп… В паровозном депо Купино, где коллективом руководил инженер А.И. Смирнов, мастер М.И. Стекачев совместно со слесарями в короткий срок смонтировали вагранку, изготовили формы, опоки и другие приспособления для организации литья цветных металлов. Машинист депо Павлодар Корнеевский изготавливал огнеупорный кирпич для арок паровозных топок из отходов старого кирпича.
В годы войны 40% механического оборудования локомотивных и вагонных депо было задействовано на изготовлении военной продукции. Изготавливались ящики для патронов, приклады к винтовкам и автоматам, саперные лопатки. Только в трех депо – Инская, Тайга, Промышленная – выпускали до ста наименований изделий для фронта – минометы, боеголовки для снарядов, финские ножи и многое другое. В годы тяжелых испытаний железнодорожники не только воевали, но и ковали оружие для этой победы. Такое сочетание мужества в бою и стойкости в тылу и предопределило результат войны.
Также в 2–3 раза увеличилась нагрузка на все железнодорожные предприятия. Огромные трудности были связаны с тем, что Омской и Томской железным дорогам предстояло, кроме воинских перевозок на запад, осуществить значительные эвакуационные перевозки на восток.